Όπως πιστοποιείται και από μια πληθώρα πρόσφατων ευρημάτων, η κατοίκηση της πόλης των Αμυκλών μαρτυράται ήδη από την Πρωτοελλαδική περίοδο. Με εξαίρεση μια τομή κατά τη Μεσοελλαδική εποχή, οι Αμύκλες κατοικούνταν μέχρι και τον 11ο αιώνα π.Χ. Η σημασία που απέκτησε η πόλη ως οικισμός της Υστεροελλαδικής περιόδου (IIIB-Γ) οφείλεται κυρίως στην τεκμηριωμένη ύπαρξη ενός λατρευτικού χώρου της Ύστερης Μυκηναϊκής εποχής. Η πληθυσμιακή αύξηση του οικισμού και το ιερό που ανεγέρθηκε την εποχή αυτή επιβεβαιώνονται από την εύρεση χειροποίητων και τροχήλατων θραυσμάτων με απεικονίσεις ζώων, καθώς και από έναν σημαντικό αριθμό πήλινων ειδωλίων τύπου Ψ. Η τομή μεταξύ της Ύστερης εποχής του Χαλκού και της Πρώιμης εποχής του Σιδήρου δεν καταδεικνύεται μόνο από τη στρωματογραφία στο Αμυκλαίο, αλλά κυρίως από τη γενικότερη τυπολογική ταξινόμηση της πρωτογεωμετρικής κεραμικής της Λακωνίας. Αν και μια ακριβής χρονολόγηση της αποίκησης της σπαρτιατικής πεδιάδας από τους Δωριείς δεν είναι δυνατόν να προσδιοριστεί, σύμφωνα, ωστόσο, με τις Ingrid Margreiter και Brigitte Eber, τα αρχαιολογικά και φιλολογικά στοιχεία παραπέμπουν στην εποχή γύρω στα 950 π.Χ. και εξής. Η ιδιαίτερη θέση που κατείχαν οι Αμύκλες στην περιοχή της Λακωνίας κατά την Πρώιμη εποχή του Σιδήρου καταδεικνύεται, μεταξύ άλλων, και από την αναφορά της πόλης στους ομηρικούς καταλόγους πλοίων (ΙΙ. 2584). Ωστόσο, για το χρονικό διάστημα ανάμεσα στα 950 π.Χ. και στα μέσα του 8ου αιώνα π.Χ., την εποχή δηλαδή, κατά την οποία οι Αμύκλες εντάχθηκαν στην ευρύτερη οικιστική περιοχή της Σπάρτης, δεν είναι δυνατόν να σχηματίσει κανείς μια σαφή άποψη για τα όσα διαδραματίστηκαν τόσο στη Σπάρτη όσο και στη Λακωνία. Το μοναδικό συμπέρασμα που μπορεί να συναχθεί από τα σχετικά ευρήματα είναι πως οι πολιτισμικές διαφορές μεταξύ της Σπάρτης και των Αμυκλών είχαν εξαλειφθεί σταδιακά. Μια ακόμα πιο γενική ερμηνεία, που πηγάζει τόσο από τα αρχαιολογικά τεκμήρια όσο και από τις λογοτεχνικές και ιστορικές πηγές, καταλήγει επίσης στο συμπέρασμα ότι η πόλη των Αμυκλών ενσωματώθηκε στο συνοικισμό της Σπάρτης από τον Τήλεκλο γύρω στο 750 π.Χ., ως πέμπτη ωβή της, και, κατά αυτόν τον τρόπο, άρχισε η διαδικασία διαμόρφωσης μιας νέας πολιτικής ταυτότητας.
Όπως παραδίδει ο Παυσανίας, το κολοσσιαίο πεσσόμορφο άγαλμα του Απόλλωνος περιβαλλόταν στις τρεις πλευρές από το λεγόμενο "θρόνο", έργο του Βαθυκλή από την Μαγνησία της Μικράς Ασίας, που χρονολογείται στο τέλος του 6ου αιώνα π.Χ. Τότε, το ιερό του γνώρισε μια θεαματική άνθιση που συνεχίστηκε κατά τη διαδρομή των επόμενων αιώνων, της Ρωμαιοκρατίας και της Πρωτοχριστιανικής περιόδου.